whereは関係代名詞ってことはないですね。あるとすれば関係副詞です。
関係副詞のwhere/when/why/howは、先行詞を省略できます。
つまり
①this is [the place] where an old church used to be.
ということです。
訳出するときは、関係詞それ自体は訳さずに、関係詞の後ろの文のまとまりが、先行詞を修飾するように訳します。
つまり省略されているthe place にかかるように訳せば良いので
「ここは、古い教会がかつてあった[場所]だ」となります。
ちなみに
②this is the place [where] an old church used to be.
のように、関係副詞を省略することもできます。
関係副詞の文は
①先行詞を省略
②関係副詞を省略
③どちらも省略しない
の3パターンがあります。両方同時に省略はできません。
それに加えて
先行詞the way 関係副詞howの組み合わせだけは、③もNGで①②のどちらかになります。
細かくありがとうございます!