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Bの位置によらず、Aの運動方程式は一定だからです。
Bの(Aに対する)位置によって、Aの加速度も変わるのではとなんとなく思えるのですが、BがAに対して動いていて一定の動摩擦力を与えている限り、Aの運動方程式は変わりません。
このモヤモヤ感の正体はおそらく、運動方程式を考える物体に大きさがあることを潜在的にイメージしているからだと思われます。
高校物理で使う運動方程式は、正確には重心運動方程式であり、その物体の持つすべての質量が重心の一点にあり、かつその物体に働くすべての力がその一点に働くとして立てた式なのです。