be short of〜 を 〜が不足している と訳すのは
英語ではなくて日本語の都合ですよね。
英語ではおっしゃるとおり動詞の前に主語があって、be動詞は主語によって形が決まります。
だからbe動詞の前にある主語を見て判断すれば良いです。
[主語] be short of〜
という英文に対して、
この主語+be動詞+形容詞+of〜という形を
わかりやすく反映した日本語だと、
うまく文にならない。
だから「〜が不足している」と訳している。
ということなのですが、
この一連の説明は英語ではなくて日本語の都合ですよね。直訳だとうまくいかない、日本語的に都合が悪いから、「〜が不足している」っていう意訳を熟語的に覚えているだけのことです。
そのことと、英文の主語や動詞の形は
全く関係がありません。