回答
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①この文の主語はwhoですか？ ⇒ はい、そうです。
Who(S) is(V) your homeroom teacher(C)? 誰があなたのホームルームの先生ですか？
→ Ms. Kelly(S) is(V) our homeroom teacher(C). ケリー先生が私達のホームルームの先生です
②この文の主語はwhoですか？ ⇒ いいえ、違います。
Who(C) is(V) your homeroom teacher(S)? あなたのホームルームの先生は誰ですか？
→ Our homeroom teacher(S) is(V) Ms. Kelly(C). 私達のホームルームの先生はケリー先生です。
与えられた日本語から判断すれば、②の方が良いかな？
実質的には、どちらでもいいのではないでしょうか？
話の流れ、つまり文脈から判断して、どちらかを選択するのが実用的だと思います。
参考にしてください。
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