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背理法とは、仮定した条件に矛盾が生じた場合、その仮定が間違っていたことを示します。
今回の場合、有理数であることを示すために「規約分数である」ことを仮定としました。(仮に規約分数でない分数であると仮定しても、すぐに約分すれば規約分数になるので今回の仮定の形になります。)
そこで矛盾が生じたのですから当然、仮定が間違い⇒「√3は有理数である」は間違い⇒「√3は無理数」と言えます。
ちなみになぜ既約分数と仮定するのでしょうか?
仮定した条件は「既に約分された分数の形」であったのに議論によって「まだ約分できる分数の形」であることがわかりました。同じ議論を延々と繰り返せばいつまでたっても√3は約分できる分数であることになりますが、さのような分数はないので、結局有理数ではないよね?という話ですかね。
規約分数と仮定する理由は上で述べた通り、仮に規約分数でない形で仮定したとしても、それは約分すれば規約分数となるため元々規約分数で仮定した方が手間が省けるからです。また、矛盾を示すためにも規約分数であると仮定する方が無難かと思います。
つまり仮定した条件が間違っていたため必然的に√3が有理数であることも間違いになるということでしょうか?