鉛直投げ上げが、自由落下や鉛直投げ下ろしと異なるのは、軸の向きです。
自由落下や鉛直投げ下ろしは、下向きに軸を取っています。
重力加速度の向きも下向きなので、aのかわりに+gを使います。
鉛直投げ上げの場合は軸の向きが上向きです。
しかし、重力加速度の向きは下向きで、軸の向きとは反対向きです。
そのため、加速度aのかわりにーgを使います。
回答
等加速度運動の公式「v＝v0＋at」でa＝－g＜0だからです。
加速度の向きと力の向きは一致します。この場合常に重力が鉛直下向きに働くので常に負の方向に加速しています。
下に加速しながら上に移動するというのは、イメージでいうなら車とか自転車でブレーキをかけた時です。ブレーキをかけると地面とタイヤの摩擦力で負に加速して減速しますが暫くは前に進んでるって感じです。
上手く伝わるか分かりませんが慣れるまで頑張って下さい！
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